ด้วยองค์การค้าของ สกสค. เป็นส่วนงานที่จัดระบบบริหารจัดการในรูปแบบพิเศษภายใต้การบริหารกิจการของสำนักงานคณะกรรมการ สกสค. จึงใช้ตราสัญลักษณ์เดียวกัน แต่มีชื่อหน่วยงานกำกับใต้ตราสัญลักษณ์แทน

ทั้งนี้เป็นตราพระพฤหัสบดีขนาบข้างด้วยฉัตร 5 ชั้น ซึ่งหมายถึงพระพฤหัสบดี เป็นเทพผู้ทรงความรู้ เป็นครูของเทวดาทั้งปวง และฉัตร หมายถึง การคุ้มครอง คุ้มกัน